Поезд, без вариантов. Скоростная линия идёт со станций Савидор, Ха-Шалом и Ха-Хагана, до Иерусалима около 35 минут, поезда каждые полчаса, билет около 20 шекелей по Рав-Кав. Прибываете на станцию Ицхак Навон, она очень глубоко, подъём на эскалаторах занимает минут пять. Выход прямо к центральной автостанции, напротив остановка трамвая. Трамваем до остановки у мэрии 10 минут, оттуда пешком до Яффских ворот ещё 10.
Автобус из Тель-Авива идёт час, а в утреннюю пробку и все полтора, плюс вечерние заторы на обратной дороге. Обратно поезда ходят до позднего вечера, но в пятницу последний около трёх дня, а в субботу до вечера ничего. Так что берите воскресенье-четверг. Если выйти в 7:30, к девяти будете в Старом городе, и день получится полноценный.